小昭寺位于大昭寺北面约500米处，在是西藏僧侣修习密宗的上密院,占地4000平方米。现今只有底层神殿是早期的建筑，内中10根柱子依稀可见吐蕃遗风，上面镂刻着莲　花，还雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格也是汉藏合璧。
　　小昭寺建于7世纪中叶，为吐蕃早期著名寺院，后为格鲁派密宗经院之一的上密院所在地。7世纪中叶，在修建大昭寺的同时，经文成公主选址，设计，主要由唐朝长安进入吐蕃的汉族工匠按汉地寺庙制式，历时一年，约于唐贞观20年（646），与大昭寺同时建成。寺门朝东，以示文成公主思乡之心。