1235年，蒙古大军南下攻蜀，攻陷蜀边的若干南宋据点。次年秋，蒙古军50万大举入蜀，连陷兴元、大安、阳平关。蒙军两路南略成都，10月陷成都。又分兵四出，攻陷四川大部，大肆屠掠后，旋即撤军。但蜀道天险尽失，蒙古军经常出没成都平原，四川首府也被迫自成都府迁往重庆府。 

　　1242年，兵部侍郎余jie(去声，“王”旁加“介”)任四川安抚制置使兼重庆知府，全面负责四川防务，命四川诸郡择险筑城，建、扩二十余座山城，将各州治所移入山城，特别是将合州（今合川）治所移入山城钓鱼城，成为以后抗蒙的军事中心。由于余jie(去声，“王”旁加“介”)积极调整防务，使四川战局逐渐好转。但他受权贵迫害，于1253年被逼自杀。 

　　1257年，蒙军占成都，为蒙古大汗蒙哥征蜀作好了准备。1258年秋，蒙哥汗亲率7万蒙古主力，从汉中分三道入蜀。宋军顽强抵抗，不敌。蒙军长驱抵合州(今合川，属重庆)，合州守将王坚凭险拒守，屡次败敌。1259年蒙军先锋在钓鱼城下被炮石击伤致死，7月，蒙哥汗在战争中负伤，死于军中，  蒙古被迫从四川退兵。合州抗蒙的胜利，对推迟南宋王朝的灭亡起了决定性的作用。 

　　1260年忽必烈即汗位后，蒙、宋军队在四川发生激战。1273年，忽必烈攻占襄樊。1275年攻陷嘉定、叙州、泸州要塞，分兵五路合围重庆。合州守将张珏坚持抗元，屡次克敌制胜。1278年初，元重兵攻重庆，城破，张珏为元军所获，后遭杀害。1279年初，元军陷合州。元朝彻底平定了四川诸城，把四川纳于元朝的统治之下。